Чегдомын расположен среди горных хребтов Верхнебуреинского района, включая Ургальский хребет. Поселок окружен тайгой, а главная река – Чегдомын, приток Ургала. В окрестностях есть небольшие озера, самое крупное из которых – Большой Сулук. Здесь обитают лось, косуля, изюбр, кабарга и другие виды животных. Климат – резко континентальный, с холодными зимами и теплым летом.